MTS Negeri Berau merupakan salah satu lembaga pendidikan Madrasah bernaung dibawah Kementerian Agama. MTs Negeri Berau beralamatkan di Jl Durian 2 Tanjung Redeb, Telp. (0554) 21059, Kabupaten Berau Kaliman Timur. Madrasah Tsanawiyah Negeri Berau status Terakreditasi “A” berdasarkan SK. BAP S/M Provinsi Kalimantan Timur Nomor: 1013/BAN-SM/SK/2019 Tanggal 18 November 2019 dengan Nilai 93.
Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Berau berdiri pada tahun 1978. Didirikan oleh Pemerintah (Departemen Agama RI). Cikal bakal MTsN Berau pada mulanya adalah PGAN 4 Tahun berubah menjadi PGAN 6 Tahun, kemudian pada Tahun 1978 sesuai Keputusan Pemerintah berubah menjadi MTsN Tanjung Redeb, dan pada Tahun 2017 berubah Nomenklaturnya menjadi MTsN Berau sampai sekarang.
Dari awal berdirinya, madrasah ini sudah dipimpin oleh beberapa kepala madrasah yang masing-masing memiliki peran yang penting dalam perkembangan. Bapak H. Mohd. Kurdi adalah Kepala Madrasah pertama di MTs Negeri Berau yang menjabat pada Tahun 1978 – 1986.
MTs Berau memiliki lahan seluas 79,5 x 56 m2, dan Luas Bangunan 84 x 80 m2 yang terdiri dari 17 ruang kelas, Lab IPA, Lab Komputer, Ruang Guru, Ruang Kepala Sekolah, Ruang TU, Aula, Perpustakaan, Kantin, Ruang Ekstrakulikuler, Lapangan Basket, dan Masjid. Pada tanggal 15 Desember 2020 kemarin, lahan yang didirikan MTs Negei Berau sudah sah menjadi tanah milik Kementerian Agama Berau. Hal ini diharapkan agar Mts Negeri Berau dapat membangun gedung dan fasilitas penunjang pembelajaran yang lebih lengkap, dan bisa menambung siswa-siswi hebat untuk mendaftarkan diri ke MTs Negei Berau. Hal ini tidak lepas juga dari peran Guru, Staff Tu, dan tentunya Kepala Madrasah dalam menjadikan MTs Negeri Berau bisa bersaing di antara sekolah-sekolah lain di Kabupaten Berau, di Kalimantan Timur, bahkan Nasional. Dari Perkembangannya, MTs Negeri Berau sudah dipimpin oleh 10 Kepala Madrasah, dan sekarang di pimpin oleh Bapak Gatot Subroto dari tahun 2018-sekarang.